死神界…やることのない死神たちはただ賭博をしている。「あれから５日…」死神リュークはデスノートを落とした人間界へ向かう。この１冊のノートから２人の選ばれし者の壮絶な戦いが始まる。

人間界…高校生・夜神月（ライト）はDEATH NOTEと書かれたノートを拾う。ページをめくると英語で使い方が記されていた（デスノートについて参照）。「このノートに名前を書かれた人間は死ぬ。」もちろんライトはただの悪戯だと思った。※１

５日後…全国共通模試１位の成績を母に持ち帰り、ライトは自分の部屋に入った。机の引き出しを開け、笑みを浮かべてデスノートを手にするライト。その瞬間、自分の後ろに死神リュークが現れた。初めは驚くライトだったが、死神が来たことでさらにデスノートに確信を持つ。

ライトはたくさんの名前を書いたデスノートをリュークに見せ、デスノートを使った自分は罰を受けるのかと尋ねる。リュークはこれを否定し、もうデスノートはライトのものだということと、自分の姿はライトにしか見えないということを告げる。リュークはデスノートを落とした理由を「退屈だったから」と言い、ライトもまた、たくさんの名前を書いた理由を「退屈だったから」と述べる。※２

※１より続き…試しに名前を書いてみようと思い立つライト。万が一死ぬ場合のことと、すぐ結果を確認できることを考慮し、テレビで報道されている現在立てこもり中の通り魔の名前（音原田 九郎）を書くことにした。40秒経過した後、人質が出て来たという報道がされる。そして犯人が突然倒れたという人質の証言が入る…。ライトは大変驚いたが、まだ確証が持てないでいた。

塾に行き、殺してもいい人間を考えるライト。その帰り道、嫌がる女性をナンパしている男を見つける。男は女性に「渋井丸 拓男」と自己紹介をしていた。ライトはデスノートに「渋井丸 拓男　事故死」「渋伊丸 拓男　事故死」「渋井丸 拓夫　事故死」…と書いていく。

数十秒後…逃げた女性をバイクで追った男はトラックにひかれ死亡した。ライトはデスノートに確信を抱く。それと同時に、人を殺したことへの苦しみとデスノートで世の中を変えたいという欲求との間に葛藤が生まれる。悩み抜いた結果、ライトはデスノートで世の中を変えることを決意する。

※２より続き…ライトはデスノートを拾ってからのことをすべてリュークに話した。世の中を変える決意をしてからライトは凶悪犯の名前を書き続けている。そのときリュークが「渋井丸 拓男」以外は心臓麻痺で殺されている（死因が書かれていない）ことに疑問を持つ。

その理由をライトは、犯罪者をみな心臓麻痺で殺すことにより、誰かに消されているという印象を世の中に与え、正義の裁きを下す者がいるということを世の中に知らしめるためだと言う。それにより悪い人間を排除し、自分の認めた真面目で心の優しい人間だけの世界を作る。そして自分はその新世界の神になる…。
一方、ICPO（国際刑事警察機構会議）では、犯罪者が大量に死んでいることに疑問が出始めていた。そしてライトを追う男が現れる…。